奇怪诶。
你可以试试点击左上角的 Activity:

然后会出来左边的菜单栏,点击 Fcitx Configuration 那只企鹅的图标。
或者你也可以在 Type to search... 那里的搜索框中输入“Fcitx conf”就会出来那个 Fcitx Configuration 的程序,点一下那个企鹅的图标:

然后会为你打开一个窗口:Input Method Configuration(输入法配置)

确认一下 Google Pinyin(谷歌拼音输入法)在不在。
应该是在的,因为我安装了。
然后点击窗口的第二个菜单栏“Global Config”(全局配置):

确认一下是不是和上图一样。如果不是,调整一下。
然后将窗口关闭。
再试试用“Ctrl + 空格”来切换中英文输入法看看,是否好了。
如果还不行,那推荐看看网上的 Ubuntu 16.04 安装谷歌拼音输入法和配置 的图文教程(自己搜索一下,很多的)。
谢谢!